遡ること176年前、江戸時代後期・嘉永元年（西暦1847年）現存する本殿の建設が始まった。この時携わったのは、鳥取藩に仕える優れた大工たち。
当時、鳥取を治めていた池田藩の初代藩主池田光仲公は徳川家康公の実の曾孫にあたる。徳川家康公といえば、栃木県日光市にある日光東照宮。家康を神格化した東照大権現（トウショウダイゴンゲン）を主祭神として祀られていることでも有名。
日光東照宮社殿には、「見ざる　聞かざる　言わざる」の三猿や眠り猫など、様々な動物の木彫像がみられ、徳川家と深く関係のあった鳥取池田藩は、もともと宮大工ではなかった彼らを勉強に行かせ、日光東照宮の分院である鳥取東照宮を建設、そののち神﨑神社の建設が行われたと考えられる。
大工たちは本殿の建設を始めるが、鳥取城下で木材を丁寧に加工したものを賀露港から菊港に運び神﨑神社で組み上げていた。
本殿完成まで、６年の歳月を要することとなる。
本殿は、一間社入母屋造（いっけんしゃいりもやつくり）で造られ、総ケヤキ造りである。
本殿には植物をはじめ動物や大黒様、恵比寿様など43種類の縁起のいい木彫刻が丹念に刻まれている。

本殿の完成から26年が経過し、拝殿の建設が着手されることとなる。この重要な作業を引き継いだのは、なんと本殿を築いた大工たちの孫たち。長い歳月を経て、新たな時代において拝殿の誕生が実現する。

孫たちは、拝殿の建造に際して、御祭神であるスサノオノミコトにふさわしい木彫像を制作することを心に決める、彼らは、海にまつわる3つのテーマに焦点を当て、緻密な木彫刻を施した。

拝殿正面の大注連縄の上には、竜宮城や乙姫様、浦島太郎など、まるでおとぎ話から飛び出してきたかのような彫刻が施されている。また、拝殿入り口向かって右側には、日本の第14代天皇・仲哀天皇（チュウアイテンノウ）の皇后である「神功皇后（ジングウコウゴウ）」の姿が施されている。彼女は大和王権に対抗していた熊襲（クマソ）の地域へ向かう途中、仲哀天皇の崩御に遭遇、その意志を引き継いで熊襲征伐を果たした。神功皇后は、身重の体で海を越え、新羅へ攻め込んで百済や高麗を服属させる勇姿が施されている。

拝殿入り口向かって左には、「武内宿禰（タケノウチノスクネ）」の姿がある。武内宿祢は仲哀天皇に仕え、彼の意志を引き継いで神功皇后を支えました。天皇が亡くなり皇后が戦いに赴くという状況に困り果てた武内宿祢は、海の神様たちが住む住吉大社から助言を受け、神功皇后のお腹の赤ちゃんを大切に育てることを決意する。この約束は守られ、武内宿祢は無事に子どもを育て上げ、その子は後の第15代応神天皇となる。彼は戦いに強い神様「品陀別命（ホンダワケノミコト）」として、全国の八幡神社で崇められる存在となった。
拝殿入り口には、武内宿祢がしっかりと抱く応神天皇の幼な児姿が彫られており、その情熱と奉仕の精神が木彫刻に込められています。